ところが戦後家康は広家の弁解とは異なり、輝元が西軍に積極的に関与していた書状を大坂城で押収したことを根拠に、一転して輝元の戦争責任を問い、
所領安堵の約束を反故にして毛利家を
減封処分とし、輝元は隠居となし、秀就に周防・長門2国を与えることとした。実質上の初代藩主は輝元であるが、形式上は秀就である。周防・長門2国は慶長5年の検地によれば29万8480石2斗3合であった。これが慶長10年御前帳に記された石高である。慶長12年、領国を4分の1に減封された毛利家は新たな検地に着手し、慶長15年これを終えた。少しでも石高をあげるため、この検地は苛酷を極め、山代地方(現
岩国市錦町・
本郷町)では
一揆も起きている。この検地では、結果として53万9268石余をうちだした。慶長18年、今次の幕府に提出する御前帳が今後の毛利家の公称高となるため、慎重に幕閣と協議した。ところが、思いもよらぬ50万石を超える高石高に驚いた幕閣(取次役は本多正信)は、敗軍たる西軍の総大将であった毛利氏は50万石の分限ではないこと(特に東軍に功績のあった隣国福島氏49万8000石とのつりあい)、また毛利家にとっても高石高は高普請役負担を命じられる因となること、慶長10年御前帳の石高からの急増は理に合わないことを理由に、同18年そのおよそ7割である36万9411石3斗1升5合を表高として公認した。この表高は幕末まで変わることはなかったが、その後の新田開発等により、実高(裏高)は寛永2年(1625)には65万8299石3斗3升1合、貞享4年(1687)には81万8487石余であった。宝暦13年(1763)には新たに4万1608石を打ち出している。幕末期には100万石を超えていたと考えられている。
こうした辛酸を舐めたことから、長州藩では江戸時代を通じて「倒幕」が極秘の「国是」で、この伝説について、毛利家現当主・毛利元敬は「あれは俗説」と笑い、「明治維新の頃まではあったのではないか」という問いに「あったのかもしれないが、少なくとも自分が帝王学を勉強した時にはその話は出なかった」と答えている。ただ長州藩主導により倒幕・明治維新を迎え借りは利息をつけて返したわけであるから、維新も遠くなった昭和初年の生まれである現当主に、そのような教育はむしろ弊害としてされなかったことは考えられるかもしれない(当時華族は学習院に学ぶわけであるから、徳川家と先輩・後輩関係、同級生関係になる可能性はあった。実際、元敬は水戸徳川家と同級生で仲良くしていたことも言及している)[文藝春秋2000年10月号「関ヶ原四〇〇年の恩讐を越えて」(毛利家71代当主毛利元敬、島津家32代当主島津修久、黒田家16代当主黒田長久、山内家18代当主山内豊秋、司会半藤一利。毛利家では慣習上、天穂日命を初代として数えるため現当主は71代と公称している。この文藝春秋もそれに従っていると思われる。)]。また、藩士は江戸に足を向けて寝るのが習慣となった(ただし、参勤交代時は藩主が江戸に在住している訳であり、また正室・世子は常に江戸に在住していること、萩から江戸方向は天子のおわす京と同方向であることをどう考えたのかは疑問が残るところである。しかし今でも旧藩士の家ではその伝統が伝えられている家がある)。
