当初は同業の問屋による私的な集団であり、
江戸幕府は当初は
楽市楽座路線を継承した商業政策を方針としており、こうした組織が流通機構を支配して幕府に対する脅威になる事を恐れて、
慶安元年(
1648年)から
寛文10年(
1670年)にかけて6回もの禁令が出されるなど規制の対象としていた
[落合功「享保期における都市の変容と問屋仲間―大坂塩問屋仲間を中心として―」(藤野保先生還暦記念会編『近世日本の社会と流通』(1993年、雄山閣) ISBN:9784639011996)]が、
享保の改革において商業の統制を図るために組織化された方が望ましいとする方針の下に公認が与えられ、
冥加金(上納金)を納める代わりに、販売権の独占などの特権を認められた。
田沼意次時代には、さらに積極的に公認され、幕府の現金収入増と
商人統制が企図された。自主的に結成された株仲間を「願株」、幕府によって結成を命じられた株仲間を「御免株」と呼んで区別した。株仲間の公認は、願株の公認を指す。
天保の改革で
水野忠邦は株仲間による
流通の独占が
物価高騰の原因であるとして、
1841年-
1842年に掛け、冥加金の上納を停止させ、株仲間の大半の解散を命じた。しかし、当時の経済の実態は農村工業の発達と新興商人が都市でも地方でも台頭したことによって、株仲間の独占はむしろ形骸化しつつあった。また、株仲間には代金不払いなどの不正を行った仲買の情報を共有し、仲間内の商取引を一切停止するといった懲罰を加えることにより、幕府などの公権力の代わりに
債権と契約履行を保証する役割があった
[岡崎哲二「江戸の市場経済 歴史制度分析からみた株仲間」(1999年、講談社選書メチエ) ISBN:9784062581554)]。ところが、水野をはじめとした幕府首脳は幕府権力の保護を受けた株仲間の弱体化や、商取引の制度的基礎になっていたという現実を理解出来なかったために、株仲間を解散させれば、全国的な流通網を動かせると考えたのである。その結果、かえって流通の混乱を招き、水野失脚後の
1851年、冥加金不要の問屋仲間として再興。
1857年に再び株仲間となった。再興後は株数を増やされ、新興商人を取り込もうとした。