2007年度まで、同様にセ・パ両リーグをまとめる組織として日本プロフェッショナル野球組織が存在し、「
NPB = Nippon Professional Baseball」という英称を共有するのみならず、「組織」のコミッショナーが「機構」の会長を兼ねている。一応、「組織」が
ルール(競技ルール及び選手契約ルール)面を、「機構」が
興行面を、それぞれ分担するとされてきたものの、ながく両者の関係は曖昧だった。2008年度より、
社団法人である「機構」の内部組織として、「組織」の位置付けが明確化(それまでは
任意団体の扱い)された。関連して、それまでは、コミッショナー事務局、セ・リーグ事務局、パ・リーグ事務局と3つ存在した事務局も、コミッショナー事務局に統合・一本化された。これらの一連の組織改革は、2004年に起こった
プロ野球再編問題の際に、責任の所在の曖昧さに加え、事態を収拾する能力の無さをも露呈し、大きな批判を浴びたことが契機であった。今後は、コミッショナーが中心となって球界をまとめてゆくことが期待されるが、なお現状においては
読売ジャイアンツに依存した運営が続いていると評価されることが多い。
試合開始時刻は平日が18:00、土日祝日などの公休日は14:00または18:00にそれぞれ開始される。2009年シーズンから
千葉ロッテマリーンズ主催は金曜日が18:30、土曜日が18:00、日曜日が17:00と変則時間で試合が開始されることもある。また、
埼玉西武ライオンズ主催の夏場の試合も金曜日が18:00、土日公休日が17:00とこちらも変則時間に変わることがある。
2009年4月7日(火)と
5月12日(火)は共に
横浜対
巨人も18:30に開始された。
9月6日(日)に
新潟県立野球場で行われる
横浜対
中日の第21回戦。こちらは休日での家族連れなど考慮して、15:00に開始される。また、今年のプロ野球ファーム日本一決定戦は
10月3日(土)
富山市民球場で行われる。試合開始時刻は13:00である。
