「平成の大合併」の動きにあわせ、2000年代初頭に大口市と菱刈町では合併協議会を立ち上げ、新市名を「伊佐市」と決定したが、菱刈町で実施された住民投票において反対が賛成を上回ったため合併は実現せず、2005年(平成17年)5月に協議会も解散した。その後、両自治体では
2006年(平成18年)
8月28日に改めて伊佐地区合併協議会を立ち上げ、新市名を前代の協議会と同じく「伊佐市」とする新設合併で合意に至り、
2007年(平成19年)
12月26日には鹿児島県知事より廃置分合(合併)決定書の交付、
2008年(平成20年)
1月30日に総務大臣による告示を経て同年11月1日に合併した。